Saturs
Elektroforēzes metodes atdala DNS molekulas, pamatojoties uz to izmēriem; līdzīgas metodes olbaltumvielām var atdalīt tās pēc lieluma vai maksas. Abos gadījumos gēls, caur kuru migrē molekulas, tiek sagatavots, izmantojot buferšķīdumu, ķīmisku vielu, kas darbojas, lai stabilizētu pH. Vāciņš pilda vairākas būtiskas elektroforēzes funkcijas.
Pašreizējais
Elektroforēzes gēls darbojas, iegremdējot elektrisko strāvu uz iegremdētā gēla plāksnes buferī. DNS molekulas ir negatīvi uzlādētas, un proteīni var būt negatīvi uzlādēti, vispirms denaturējot tos un pēc tam tos apstrādājot ar nātrija dodecilsulfātu (SDS). Olbaltumvielas vai DNS molekulas migrē no negatīvi uzlādētā katoda uz pozitīvi uzlādētu anodu. Tomēr ūdens ir samērā vājš strāvas transportlīdzeklis - tas efektīvi darbojas tikai tad, kad tas tajā izšķīdina vielas, jo uzlādētie joni pārvietojas elektriskā laukā. Buferšķīdumam ir lielāka jonu koncentrācija (augstāka jonu stiprība), tāpēc tā var pārvadāt daudz lielāku strāvu nekā tīra ūdens.
PH izmaiņas
PH mēra ūdeņraža jonu koncentrāciju. PH izmaiņas var mainīt molekulu, piemēram, olbaltumvielu vai DNS, neto uzlādi, izraisot lēnāku (vai ātrāku) migrāciju. Tas ir tāpēc, ka šīm molekulām ir pamata daļas, kas pieņem ūdeņraža jonus (protonus) un daudzas skābes daļas, kas var ziedot protonus. Kad skābe ziedo protonu, tas kļūst negatīvi uzlādēts; ja bāze pieņem protonu, gluži pretēji, tā saņem pozitīvu uzlādi. Tā kā ūdeņraža jonu koncentrācija šķīdumā palielinās, proteīni un DNS kļūst mazāk negatīvi uzlādēti (vai vairāk pozitīvi uzlādēti). PH, pie kura molekulai, tāpat kā proteīnam, nav maksas, sauc par izoelektrisko punktu. Buferi stabilizē želejas pH līmeni tādā līmenī, kur DNS būs negatīvi uzlādēts un migrē pēc vēlēšanās.
Kraušanas želeja
Buferiem ir vēl sarežģītāka loma elektroforēzes veidā, ko sauc par SDS-PAGE, vai nātrija dodecilsulfātu, poliakrilamīda gēla elektroforēzi. Tas ir viens no visbiežāk izmantotajiem proteīnu analīzes paņēmieniem. Tos denaturē ar termisko apstrādi un pēc tam pārklāj ar nātrija dodecilsulfātu, un tikai tad pievieno gēlam, kas parasti darbojas vertikāli. Gelim ir divi reģioni, viens no tiem ir kraušanas punkts (augšējā daļā) un viens no tiem, kas darbojas zem tā. Kraušanas gēls tiek sagatavots ar citu buferšķīdumu tā, lai tā pH būtu zemāks par tekošā gēla pH, turklāt tam ir mazāks jonu stiprums. Šie divi faktori izraisa olbaltumvielu kaudzēšanu, tāpēc tas vienlaicīgi iet pa visu gēnu. Šis efekts palīdz nodrošināt proteīnu atdalīšanos želejā atbilstoši to lielumam.
Vāciņa DNS elektroforēze
Divi visbiežāk izmantotie DNS gēla elektroforēzes buferi ir tritacetāta EDTA un tris borāta EDTA, kur EDTA nozīmē etilēndiamīntetraetiķskābi. Tas ir svarīgi, jo tas kalpo kā helātors magnija joniem, noņemot tos no šķīduma. Šie joni ir būtiski fermenti fermentiem, ko sauc par DNS, kas izjauc DNS, tāpēc EDTA buferī darbojas kā papildu piesardzība, lai novērstu jebkādas problēmas ar DNS.