Kā aprēķināt peptīdu izoelektrisko punktu

Autors: Virginia Floyd
Radīšanas Datums: 6 Augusts 2021
Atjaunināšanas Datums: 16 Novembris 2024
Anonim
How To Calculate The Isoelectric Point of Amino Acids and Zwitterions
Video: How To Calculate The Isoelectric Point of Amino Acids and Zwitterions

Saturs

Peptīdi ir īsu polimēru fragmenti, kas sastāv no aminoskābēm. Katram peptīdam ir noteikta aminoskābju secība, kas apzīmēta ar trīs burtu kodu vai tikai vienu; piemēram, aminoskābe alanīns tiek saīsināts kā "Ala" vai "A". Peptīdu slodze šķīdumā ir atkarīga no tā skābuma. Izoelektriskais punkts (pI) attiecas uz šķīduma skābuma vērtību, kurā peptīda molekulas neto lādiņš ir vienāds ar nulli. Izoelektriskajā punktā peptīda šķīdība ir minimāla. Izmantojiet pieejamos tīmekļa serverus, lai aprēķinātu peptīda aminoskābju secības pI vērtību.

1. solis

Secīgi nosakiet peptīdu, izmantojot viena burta kodu. Piemēram, ja peptīdam ir aminoskābju secība Ala-Ser-Glu-Leu-Pro (alanīns - serīns - glutamīnskābe - leicīns - prolīns), tad viena burta secība būtu "ASELP". Ja nepieciešams, skatiet viena burta līdz trīs burtu konversijas tabulu, kas sniegta sadaļā Resursi.


2. solis

Izmantojiet jebkuru pārlūku, piemēram, Internet Explorer vai Firefox, lai ievadītu serveri, kas aprēķina peptīda izoelektrisko punktu (pI); skatīt resursus.

3. solis

Lodziņā ierakstiet peptīda viena burta secību - mūsu piemērā "ASELP" - un noklikšķiniet uz "Compute".

4. solis

Izlasiet izoelektriskā punkta (pI) vērtību, kas norādīta rindā "Teorētiskais pI / Mw" (teorētiskais pl). Mūsu piemērā pI ir 4,00. Ņemiet vērā, ka serveris aprēķina arī peptīda molekulmasu (Mw).