Saturs
Lise ir grieķu vārds, un tas vienkārši nozīmē "sadalīt" vai "sadalīties". Tas ir labs reakcijas apraksts, kas notiek ar šūnām lizēšanas buferī - šķīdums, kas tās noārda, lai iegūtu to saturu. Zinātnieki izmanto šos šķīdumus, lai šūnu analīzē iegūtu DNS vai olbaltumvielas, īpaši baktēriju gadījumā. Šūnu lizēšanas bufera tips mainās atkarībā no eksperimenta veida, tomēr mēs pieminēsim dažas kopīgas izvēles.
Buferis un sāls
Buferšķīdumi stabilizē pH līmeni, kamēr šūnas iziet lizēšanas procesu. Trīs-HCL šķīdums ir visizplatītākais buferšķīdums buferēšanai pie pH 8, ja ir vēlams pH. HEPES ir vēl viens izplatīts buferšķīdums šajos eksperimentos. Nātrija hlorīdu var pievienot arī, lai palielinātu jonu spēku, kopējo izšķīdušo vielu koncentrāciju ārpus šūnām. Pēdējais ir svarīgs, jo ūdens var izplatīties visās šūnu membrānās, sākot no reģioniem ar zemu izšķīdušās vielas koncentrāciju un beidzot ar tiem, kuros ir augsta koncentrācija.
Mazgāšanas līdzeklis
Mazgāšanas līdzeklis ir galvenā sastāvdaļa, kas izšķīdina šūnu membrānu, lai saturs varētu izplūst. Mazgāšanas līdzekļi ir amfipātiskas molekulas, tas ir, ar vienu galu, kas viegli mijiedarbojas ar ūdens molekulām, bet otrs hidrofobais gals jeb "kas baidās no ūdens" neveic šo mijiedarbību. Viņi var izšķīdināt taukus, veidojot micellas, mazas grupas, kurās mazgāšanas līdzekļu molekulu hidrofobās astes norāda uz iekšpusi uz tauku molekulām. Parasti mazgāšanas līdzekļi ir nātrija dodecilsulfāts vai SDS, NP-40 un tritonX.
Helātu veidotāji un inhibitori
Līzes buferi parasti satur arī helātus veidojošus līdzekļus, piemēram, etilēndiamīntetraetiķskābi (EDTA) vai retilēnglikola tetraetiķskābi (EGTA). Šīs ķīmiskās vielas saistās ar metālu joniem ar +2 lādiņu (piemēram, magnijs un kalcijs), tādējādi padarot tos nepieejamus citām reakcijām. Daudziem DNS (proteīniem, kas košļāj DNS) un proteāzēm (olbaltumvielām, kas sagriež citus proteīnus) darbībai nepieciešami magnija joni, tāpēc, atņemot viņiem šo galveno sastāvdaļu, EDTA un EGTA, tie palīdz samazināt proteāzes līmeni vai DNSse aktivitātes. Tomēr tie tos pilnībā neizslēdz, un dažas proteāzes nav atkarīgas no magnija kofaktoriem, tāpēc lizēšanas buferos dažreiz ir arī vielas, ko sauc par proteāzes inhibitoriem, kas ar to saistās un neļauj tai pienācīgi darboties.
Sārmaina lizēšana
Sārmaina lizēšana ir ļoti izplatīta metode plazmīdu attīrīšanai no baktērijām. Šī metode nozīmē trīs risinājumu izmantošanu. Pirmais satur glikozi, tris-HCL buferšķīdumu, EDTA un RNS. Glikoze rada lielu izšķīdušās vielas koncentrāciju ārpus baktērijām, tāpēc tās kļūst nedaudz ļenganas, veicinot lizēšanas procesu. EDTA un tris-HCL darbojas kā aprakstīts iepriekš, savukārt RNSse sakošļās jebkuru RNS šūnas iekšpusē, lai to izkļūtu no ceļa. Otrais risinājums efektīvi veic šūnu lizēšanu. Tas satur mazgāšanas līdzekli SDS un NaOH, kas paaugstina pH līmeni līdz 12 vai augstāk, denaturējot olbaltumvielas šūnas iekšienē un izraisot DNS atdalīšanos vienkāršos pavedienos. Trešais šķīdums satur kālija acetātu, lai atjaunotu pH līmeni neitrālākā līmenī, lai plazmīdās DNS virknes varētu apvienoties. Tikmēr denaturētie proteīni sanāk kopā un nogulsnējas, savukārt dodecilsulfāta joni savienojas ar kālija joniem, veidojot nešķīstošu savienojumu, kas arī var izkrist no šķīduma.